舰队编组的核心在于合理分配指挥值、优化舰船定位以及平衡攻防能力。一支舰队最多可容纳300指挥值的舰船，升级至九级基地后可提升至400指挥值。舰船位置分为前排、中排和后排，敌方会优先攻击前排，因此前排需配置高防御舰船，中后排则侧重输出。舰船定位由蓝图决定，无法手动调整，因此编组前需充分了解各舰船特性。为便于管理，建议为舰队命名，既能快速识别，也能在PVP中起到战术迷惑作用。
前排推荐使用高血量和防御力的舰船，如守护艇或奇美拉级巡洋舰，用于吸收伤害；中排需兼顾攻防，可配置能量输出型舰船弥补火力不足；后排则应选择高输出舰船，如肯特艇或卡利斯托级。针对不同敌方编队，需动态调整配置，例如面对高输出舰队时增加前排防御，面对防御型舰队时强化中后排火力。护航艇编组也需遵循类似原则，前排抗伤，后排输出，中排辅助。
移动速度是舰队编组中容易被忽视但至关重要的属性。舰队整体速度由最慢的舰船决定，低速会影响战术执行，尤其在多舰队围剿时。战巡和航母虽火力强大，但指挥值占用高且速度较慢，建议通过增援方式加入舰队，避免拖累主力。高速舰队适合执行游击任务，如拆毁敌方前哨或采矿平台，可配置诺玛M470等攻城型舰船搭配FG3000护卫舰，利用速度优势灵活作战。
维修船和防空舰船的实用性需谨慎评估。中后期战斗中，维修船的恢复效果往往难以跟上战斗损耗，且其生存能力较弱，不如替换为输出舰船以快速结束战斗。防空舰船则应根据敌方舰载机数量动态调整，若敌方航母较多，可编入光锥级或载机舰提供防空火力。攻城类舰船可单独编组为高速拆家队，专门针对敌方基础设施，但需注意策略值消耗。
编组完成后需全面检查舰队属性，包括火力、舰船构成和仓储容量等。主力舰队应侧重攻防平衡，输出舰队则追求极致火力，两者配合可实现包夹战术。包夹舰队能无视敌方前排直接攻击中后排，因此输出舰队的速度和火力至关重要。若需增援，优先选择高输出或高机动舰船，避免因增援导致舰队速度大幅下降。实战中还需根据战报不断优化编组，逐步形成适应自身战术风格的舰队配置。
