少年三国志零与少年三国志1在核心玩法上存在本质差异。少年三国志零采用4x4布局的实时策略战斗模式，强调兵种克制与军师技能融合，而少年三国志1则是传统回合制卡牌游戏。前者引入六大兵种系统（盾兵、步兵、轻骑、重骑、弓手、谋士），每种兵种拥有独特的战场定位和相互克制关系，战斗时需要根据敌方阵容动态调整站位策略。后者更注重卡牌收集与数值养成，战斗过程以自动回合制为主。
少年三国志零的战术深度体现在主将流派组合、士兵协同作战以及军师计谋释放时机三个层面，玩家需同时考虑布阵位置、技能连锁和战场实时变化。少年三国志1的策略性主要集中在卡牌搭配和技能组合上，通过固定阵容应对不同关卡。前者支持128个单位同屏战斗，后者则采用标准卡牌对战模式。这种差异导致两款游戏在战斗节奏和操作需求上形成鲜明对比。
少年三国志零的主将携带特定兵种出战，其价值不仅取决于个体强度，更体现在兵种适配性和阵容协同效果上。少年三国志1的武将作为独立战斗单位，成长线更侧重星级突破和技能升级。前者新增军师系统，通过五行相生相克机制实现技能融合；后者延续传统卡牌游戏的装备强化和缘分系统。这种设计差异使得两款游戏的养成路线和资源分配策略完全不同。
少年三国志零采用POV多视角模式，通过不同势力角色的视角碎片化呈现三国历史，大地图无缝衔接九州地貌。少年三国志1沿用线性叙事结构，按照时间轴推进主线剧情。前者在支线任务中融入更多历史事件还原，后者主要通过关卡对话展开故事。这种差异使得两款游戏的世界观沉浸感呈现不同特质。
少年三国志零的联盟系统支持跨服夺城和实时策略对抗，九州争霸采用三局两胜的军团对战机制。少年三国志1更侧重个人竞技场排名和公会协作挑战。前者强调战术配合和实时调整，后者注重长期养成和阵容深度。这种差异决定了两款游戏在社交互动和竞争体验上的不同走向。
