保卫萝卜3集市主题中的BOSS分为有限波和无限波两种模式，它们的强度远超普通关卡怪物。无限波BOSS作为母体存在，会持续召唤小怪进攻，直到本体被消灭；有限波BOSS则亲自上阵，拥有极高的血量和攻击力。这两种BOSS都具备快速突破防线的能力，对玩家的炮塔布局和资源分配提出极高要求。
应对无限波BOSS的核心策略是在其附近建造辐射范围类攻击塔，如太阳花、毒气瓶、鱼刺等。这类炮塔能同时对BOSS和小怪造成伤害，实现高效清场。在道路拐弯处需要布置综合炮塔群，包含减速类（冰冻星）、速攻类（汽油瓶）和范围群伤类（太阳花）的组合，形成多层次防御体系。BOSS所在位置具有高防御特性，必须集中火力优先击破。
有限波BOSS的威胁主要来自其超高的单体破坏力。这类关卡资源紧张，需要在保证清怪效率的前提下，逐步转移火力到BOSS身上。开局阶段应优先清理障碍物获取隐藏炮塔和金币，中后期在BOSS行进路线上布置高爆发炮塔如火箭、雷达。减速控制至关重要，必须确保冰冻星或雪球覆盖BOSS全程移动路径。
BOSS战对炮塔类型的选择有严格限制。太阳花和毒气瓶适合处理集群小怪，但对BOSS输出不足；鱼刺和冰冻星提供控制但伤害较低；火箭和雷达射程远、爆发高但造价昂贵。合理搭配需要根据关卡地形和怪物波次动态调整，通常采用3-4种炮塔组合，兼顾清场速度和单体输出。
当BOSS血量低于30%时，会出现狂暴状态移动加速，需要预留金币快速补充减速塔。道具清除获得的隐藏炮塔往往具有关键作用，如多重箭的穿透效果或玩具飞机的直线打击能力。胜利关键在于保持输出节奏，既不能过早耗尽资源，也不能因过度积攒而错过输出窗口。
